根据《
外商投资法》《外商投资法实施条例》，外商投资企业的组织形式、组织机构及其活动准则适用《公司法》《合伙企业法》等法律规定。同时规定，在五年过渡期内，可以继续保留原企业组织形式、组织机构等。由于“双轨制”立法，“外资三法”与《公司法》《合伙企业法》在公司治理结构、议事表决机制等方面。《外商投资法》生效实施后，要在现行《公司法》《合伙企业法》体系下对外商投资企业进行登记管理，“双轨制”将在过渡期内逐步终结。在五年过渡期内外商投资企业登记注册需要注意几个重点问题：
一是关于组织形式。2020年1月1日以前依法设立的外商投资的公司、外商投资合伙企业，无须办理企业组织形式变更登记；不具有法人资格的中外合作企业和外资企业，应当在2025年1月1日前申请组织形式变更登记。同时，考虑到这些企业不具有法人资格，这类企业可以申请改制为合伙制企业，并按照《合伙企业法》《合伙企业登记管理办法》等法律法规规定的设立条件，向登记机关申请变更登记，并依法提交有关材料。
二是关于组织机构。应秉持了《外商投资法》《外商投资法实施条例》的立法精神，在过渡期内充分尊重企业意思自治，明确只有与《公司法》强制性规定不相符的登记（备案）事项，现有外商投资企业才需要申请办理变更登记、章程备案或者董事备案等手续。
三是关于现有外商投资企业登记注册的特殊规定。对于现有外商投资企业，在过渡期内变更组织形式或组织机构前，企业根据变更前的组织形式、组织机构以及议事表决机制申请变更或注销登记的，登记机关应当予以受理。
四是关于股权变更的特殊规定。如果现有中外合资经营企业、中外合作经营企业的组织形式、组织机构等依法调整后，在合同有效期内申请股东变更登记时，有关股权转让办法执行合同约定条件的，登记机关应当予以受理。如全体股东重新约定的，按照其约定。
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